氨基酸代谢异常会影响到宝宝神经系统的发育，容易影响到宝宝智力的发育。有研究显示，在严重智力低下的病人中，大约有百分之十的人的病因与氨基酸代谢异常有关。氨基酸代谢异常的总发病率在万分之一到五千分之一之间。由于氨基酸代谢异常所引起的疾病有很多种，苯酮尿症就是其中之一。
苯丙酮尿症是一种先天性疾病，患有这种疾病的新生儿是绝对不能吃母乳的。苯丙酮尿症是由于其体内缺少苯丙氨酸羟化酶，不能使苯丙氨酸转化为酪氨酸，而造成苯丙氨酸在体内的堆积，严重的可干扰脑组织代谢，造成功能障碍，容易导致智能障碍。虽然母乳中苯丙氨酸的含量较牛奶明显为低，但这些婴儿还是最好不吃母乳或仅吃少量母乳为宜，平时应摄入不含苯丙氨酸的特制奶粉。
四、母乳性黄疸
母乳性黄疸是宝宝在吃母乳时会有黄疸出现的现象。这时可以暂停母乳喂养，一般四十八小时左右，就可恢复母乳喂养。如果恢复母乳喂养后，发现宝宝黄疸再次加重，可先再停喂一两天，然后再进行母乳喂养。一般情况下，经过两三次这样的过程，宝宝就不会因为吃母乳而出现黄疸了，可以继续母乳喂养。如果宝宝一直有这种现象的加，就最好停止母乳喂养。
